בכרס הפרה שוכנת אוכלוסיית מיקרואורגניזמים המורכבת ממספר גדול של מינים אשר חשיבותם לפרה והאפקט שלהם על הסביבה מתבטאת באופנים רבים הכוללים התמחות בפירוק ועיכול יעיל של המזון הצמחי, בריאותה של הפרה ופליטה של פסולת וגזים לסביבה. למרות ההתקדמות בשנים האחרונות בהבנת המורכבות של התהליכים המתרחשים בכרס, והתפתחויות טכנולוגיות אשר אפשרו מבט מעמיק באוכלוסייה זו, תפקידם של חלק מקבוצות המיקרואורגניזמים בכרס אינו ברור גם כיום. חסר זה נכון במיוחד לגבי הפרוטוזואה, קבוצת תאים איוקריוטים המהווים כ-50% מהביומסה של המיקרואורגניזם בכרס. מחקרים קודמים מצביעים על כך שקבוצה זו של מיקרואורגניזמים מעורבת בתהליכים רבים הקשורים לבריאות הפרה ויכולתה להפיק אנרגיה מהמזון. בנוסף קבוצה זו חשודה במעורבותה בתהליך המתאנוגנזה המייצר גז מתאן, הידוע כגז חממה פוטנטי בעל השפעה סביבתית שלילית רבה. במעבדה אנו חוקרים את יחסי הגומלין בין המיקראורגניזמים בכרס בכדי להבין איך הם מכתיבים את הפנוטיפ של הפרה, זאת בכדי לפתח שיטות המבוססות על אקולוגיה מיקרוביאלית ודינמיקה בין מיקרואורגניזמים אשר ישפרו את הפנוטיפ הרצוי של ייצור ומיגור טביעת הרגל הסביבתית של חקלאות בעלי חיים.